Lo primero a tener en cuenta, es que, este problema es más frecuente cuando trabajamos con pisos de media altura. ¿Porqué?, Esto se debe principalmente a que tanto puertas como ventanas, independiente del piso en que hayan sido modeladas, Archicad las asignara al piso que contenga más del 50% del volumen/superficie de estas, es decir, si una puerta tiene 220 cm de altura, pero 120 cm de esta altura forma parte del piso superior, entonces esta aparecerá bajo cualquier circunstancia en el piso superior, por tanto cuando intentes buscar una puerta y/o ventana en el esquema no podrás encontrarla en el piso que fue modelada, lo que puede causar ciertos grados de confusión al momento de cubicar ya que te aparecerán menos puertas de las que tienes, pero ojo, estás si se encuentran en el listado, solo que no en el piso que creemos.

Veamos el siguiente ejemplo en las imágenes adjuntas, tengo una planta con 1 puerta en un piso de media altura, adicionalmente crearé un esquema que exclusa las puertas del primer nivel.